Στις 13 Απριλίου του 1924 δύο χρόνια μετά την μικρασιατική καταστροφή, πήρε σάρκα και οστά η σκέψη και το όραμα μιας παρέας από την Κωνσταντινούπολη που είχαν έρθει στην Αθήνα ως πρόσφυγες. Η δημιουργία ενός συλλόγου που θα θυμίζει τις χαμένες πατρίδες.Ήθελαν βλέπεις να αναγεννήσουν τη δόξα του αθλητισμού της Πόλης.
Όλα Ξεκίνησαν από το μαγαζί αθλητικών ειδών του Αιμίλιου Ιωνά και του Κωνσταντίνου Δημόπουλου (στοά Λουξ) στην οδό Βερανζέρου 24, Εκεί πάρθηκε τελική απόφαση για την ίδρυση ενός συλλόγου με την επωνυμία Αθλητική Ένωση Κωνσταντινουπόλεως, που ως έμβλημα του επελέγη ο δικέφαλος αετός, που κρατάει το ξίφος και την υδρόγειο σφαίρα της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας που είχαν δημιουργήσει οι Κομνηνοί και οι Παλαιολόγοι (αυτοκράτορες του Βυζαντίου), ώστε να δείχνει την δύναμη της σε ανατολή και δύση και τα χρώματά της το κίτρινο και το μαύρο.Το μαύρο, για να θυμίζει την τραγωδία της μικρασιατικής καταστροφής, τον πόνο για τις χαμένες πατρίδες και το κίτρινο για να δείχνει την ελπίδα που είχαν οι πρόσφυγες να γυρίσουν στα πάτρια εδάφη τους
Οι θεμελιωτές αυτού του συλλόγου ήταν μέλη του αθλητισμού της Κωνσταντινούπολης και άνθρωποι της μεσοαστικής κοινωνίας της Αθήνας που οι περισσότεροι ήταν πρόσφυγες από εκεί.Θέλοντας να δείξουν μέσα από το σύλλογο την αξία και την κουλτούρα της Κωνσταντινούπολης. Τα ιδρυτικά μέλη του νεοσύστατου σωματείου ήταν πάνω από 40. Ανάμεσά τους ήταν: Αιμίλιος Ιωνάς, Μενέλαος Ιωνάς, Κώστας Δημόπουλος, Μενέλαος Καροτσιέρης, Τιμολέων Τάγαρης, Κώστας Σπανούδης (πρώτος πρόεδρος της Α.Ε.Κ., διετέλεσε υπουργός και βουλευτής του Ελ. Βενιζέλου), Μίλτος Ιερεμιάδης, Στέφανος Κεχαγιάς, Νικηφόρος Ελεόπουλος, Παντελής Καραγιάννης, Φωκίων Δημητριάδης (σκιτσογράφος στην εφημερίδα ΤΑ ΝΕΑ), Κων/νος Κωνσταντάρας, Αλέξανδρος Μακρίδης, Κώστας Ζαρίφης, Γιάννης Χρυσαφίδης, Κώστας Χρυσόπουλος, Βασίλης Φρυδάς, Φίλιππος Φλωρίδης, Αλέξανδρος Στρογγυλός, Λευτέρης Παξιμαδάς, Χρίστος Αλεξανδρίδης.
Στις 30 Μαΐου 1924, μετά από έκτακτη συνέλευση, το Δ.Σ. συγκροτήθηκε σε Σώμα, ως εξής: Κωνσταντίνος Σπανούδης, πρόεδρος, Νικηφόρος Ελεόπουλος, αντιπρόεδρος, Κώστας Δημόπουλος, γενικός γραμματέας και μέλη, ο Μενέλαος Καροτσιέρης και ο Μιλτιάδης Ιερεμιάδης.Η δημιουργία της αθλητικής ένωσης ήταν γεγονός. Ο σύλλογος θα θυμίζει, έντονα, τον φοίνικα της μυθολογίας, η απεικόνιση του οποίου, μέσα στην κυκλική σφραγίδα της Α.Ε.Κ. αποφασίστηκε και έγινε πράξη, από τα ιδρυτικά μέλη του συλλόγου.Έτσι παραμένει άφθαρτος με το πέρασμα των χρόνων και σηματοδότησε την Αθλητική Ένωση της Κωνσταντινούπολης.
Τα πράγματα ήταν πολύ δύσκολα για την ΑΕΚ (1924). Η νεοσύστατη ομάδα στεγάστηκε στα γραφεία της Χ.Α.Ν. στην οδό Μητροπόλεως. Δύσκολα κάποιος αθλητής πειθόταν να γίνει μέλος μιας νέας ομάδας που ήταν άγνωστη στο ευρύ κοινό και με αβέβαιο μέλλον. Επιπλέον η ΑΕΚ δεν είχε δικό της γήπεδο. Την πρώτη ομάδα της ΑΕΚ αποτέλεσαν οι καλύτεροι παίκτες που ήρθαν από την Κωνσταντινούπολη. Οι παίκτες αυτοί ήταν : Νικόλαος Κίτσος (τερματοφύλακας), Ιερεμιάδης (αμυντικός), Θέμος Ασδέρης (αμυντικός), Κεχαγιάς (μέσος), Παρασκευάς (μέσος), Κ. Δημόπουλος (μέσος), Καραγιαννίδης (επιθετικός), Μπάλτας (επιθετικός), Μήλας (επιθετικός), Ηπιάδης (επιθετικός) και Γεωργιάδης (επιθετικός).
Πρόεδρος της ΑΕΚ την περίοδο 1924-1932 ήταν ο δημοσιογράφος, και μετέπειτα βουλευτής και υπουργός στην κυβέρνηση Βενιζέλου, Κώστας Σπανούδης.
Πρόεδρος της ΑΕΚ την περίοδο 1924-1932 ήταν ο δημοσιογράφος, και μετέπειτα βουλευτής και υπουργός στην κυβέρνηση Βενιζέλου, Κώστας Σπανούδης.
Η ΑΕΚ μαζί με άλλους συλλόγους της Αθήνας δήλωσε συμμετοχή στο Πρωτάθλημα Αθηνών της σεζόν 1924-1925. Το Πρωτάθλημα αυτό το κατέκτησε ο ΠΑΟ του Απόστολου Νικολαϊδη. Στο Πρωτάθλημα Αθηνών της σεζόν 1925-1926, η ΑΕΚ βρέθηκε στον τελικό αντιμέτωπη με τον ΠΑΟ του Α. Νικολαϊδη. Ο τελικός έγινε στο γήπεδο του ΠΑΟ και νικητής αναδείχθηκε ο ΠΑΟ με 2-1. Στην Ένωση μπήκαν νέα πρόσωπα. Σταδιακά ενισχύθηκε με παίκτες όπως ο Κώστας Νεγρεπόντης, Κωνσταντινουπολίτης και πρώην ποδοσφαιριστής της Πέρα, που το 1926 εγκαταστάθηκε στην Αθήνα μετά από επαγγελματική καριέρα σε ομάδες της Γαλλίας. Ο Νεγρεπόντης είχε λαμπρές επιδόσεις στα γαλλικά γήπεδα.
Μετά από κινήσεις του συμβούλου της Κ.Ε.Στεγάσεως Προσφύγων, Ιωάννη Χρυσάφη, παραχωρήθηκε για την άθληση των προσφύγων μία έκταση στον Ποδονίφτη. Ήταν ένας χώρος ο οποίος με την εθελοντική εργασία των προσφύγων μετατράπηκε σε γήπεδο.Στις 2 Νοεμβρίου του 1930 εγκαινιάστηκε το γήπεδο της ΑΕΚ στη Νέα Φιλαδέλφεια. Για πολλές δεκαετίες αυτός ήταν ο χώρος που στέγασε την ομάδα. Εγκαινιάστηκε με μεγαλοπρέπεια στο φιλικό 2-2 με τον Ολυμπιακό Τα ευχάριστα νεα, άρχισαν να φαίνονται στο Πρωτάθλημα Ελλάδας της σεζόν 1930-1931, όπου η ΑΕΚ νίκησε τον ΠΑΟ με 2-1 και τον Άρη με 2-0 και κατετάγη στην 4η θέση. Ο πρώτος τίτλος για την ΑΕΚ ήρθε την περίοδο 1931-32, όταν κατέκτησε το Κύπελλο Ελλάδος νικώντας τον Άρη με 5-3. Αστέρια της ομάδας ήταν οι Κώστας Νεγρεπόντης (ο οποίος τότε ήταν 35 χρονών), Κλεάνθης Μαρόπουλος, Δελαβίνιας, Ρίμπας, Σκλαβούνος, Μανέττας, Τζανετής, Μάγειρας, Χατζησταυρίδης.
Το πρώτο της πρωτάθλημα Ελλάδας το κέρδισε το 1939. Τον Ιούνιο του 1939 αντιμετώπισε στον τελικό του Πρωταθλήματος τον Ηρακλή, τον οποίο και νίκησε 3-1 εντός έδρας και 4-2 εκτός έδρας. Κερδίζοντας και το κύπελλο έγινε η πρώτη ομάδα που κατέκτησε το διπλό στην Ελλάδα.. Πάντως, οι πρώτες ημέρες του συλλόγου δεν ήταν καλές, καθώς κάποιοι υποστηρικτές άλλων σωματείων τους φώναζαν «Τουρκόσπορους», λόγω της προέλευσής τους από την Κωνσταντινούπολη.
Το πρώτο της πρωτάθλημα Ελλάδας το κέρδισε το 1939. Τον Ιούνιο του 1939 αντιμετώπισε στον τελικό του Πρωταθλήματος τον Ηρακλή, τον οποίο και νίκησε 3-1 εντός έδρας και 4-2 εκτός έδρας. Κερδίζοντας και το κύπελλο έγινε η πρώτη ομάδα που κατέκτησε το διπλό στην Ελλάδα.. Πάντως, οι πρώτες ημέρες του συλλόγου δεν ήταν καλές, καθώς κάποιοι υποστηρικτές άλλων σωματείων τους φώναζαν «Τουρκόσπορους», λόγω της προέλευσής τους από την Κωνσταντινούπολη.
Στο Πρωτάθλημα Ελλάδας της σεζόν 1939-1940 η ΑΕΚ με τον Κώστα Νεγρεπόντη στη θέση του προπονητή κέρδισε και πάλι το τρόπαιο. Σημειώνουμε τη μεγάλη νίκη της επί του Ολυμπιακού με 3-0 (ο Μαρόπουλος έβαλε ένα γκολ). Στον τελικό του Πρωταθλήματος η ΑΕΚ αντιμετώπισε τον ΠΑΟΚ, τον οποίο νίκησε 1-0 εντός έδρας και 4-3 εκτός. Τον Οκτώβριο του 1940 η Ιταλία επιτέθηκε στην Ελλάδα. Ο Β’ Παγκόσμιος Πόλεμος και η κατοχή είχαν καταστροφικές συνέπειες σε όλους τους τομείς της ελληνικής κοινωνίας, κατά συνέπεια και στο ποδόσφαιρο. Οι ποδοσφαιριστές της ΑΕΚ καθώς και των άλλων ομάδων επιστρατεύτηκαν για να πάνε στον πόλεμο. Στην περίοδο της Κατοχής (1941-1944) τα περισσότερα γήπεδα καταστράφηκαν από τα στρατεύματα των κατακτητών. Το γήπεδο της ΑΕΚ γνώρισε την καταστροφή από τους Ιταλούς . Παρά τις δυσκολίες, οι παίκτες της ΑΕΚ πήραν τη θαρραλέα απόφαση να προσπαθήσουν μόνοι τους να ξαναπαίξουν σε ορισμένους αγώνες. Έτσι λοιπόν έπαιξαν σε λίγους αγώνες μαζί με άλλους γνωστούς συλλόγους. Μετά την απελευθέρωση, όλοι οι άνθρωποι της ΑΕΚ ρίχτηκαν στη δουλειά αγωνιζόμενοι για την αναδιοργάνωσή της ομάδας. Η σύνθεση της ΑΕΚ ήταν σχεδόν ίδια με αυτή της Κατοχής. Μόνο 3 παίκτες της ήταν απόντες : ο Χατζησταυρίδης που πήρε μεταγραφή, ο Γιαλαμπίδης που πήρε μεταγραφή και ο Κοντούλης που εκτελέστηκε από τους Γερμανούς.
Το 1945-1946, όταν το πρωτάθλημα ξανά ξεκίνησε μέσα από τις στάχτες, η ομάδα είχε απομείνει μισή. Ο Σπύρος Κοντούλης, ο βασικός κεντρικός χαφ των πρωταθλητών και της Εθνικής είχε εκτελεστεί από τους ναζί το 1944. Ο Κώστας Χριστοδούλου έχοντας φυλακιστεί και βασανιστεί από τους Γερμανούς ουσιαστικά δεν ξανάπαιξε ποδόσφαιρο. Ο Σπύρος Σκλαβούνος είχε δραπετεύσει στην Τουρκία, όπου ακολούθησε καριέρα μουσικού. Ο Κώστας Βασιλείου είχε επιστρέψει στην πατρίδα του, την Κύπρο. Εξάλλου, ο Αλέκος Χατζησταυρίδης, τραυματίας του αλβανικού μετώπου, είχε μεταπηδήσει στον Ολυμπιακό, σύντομα δε αποχώρησε ο Βασίλης Μανέττας και αποσύρθηκε ο Χρήστος Ρίμπας. Οι εναπομείναντες (Μαρόπουλος, Τζανετής, Σίμος, Δελαβίνιας, Μαρκόπουλος, Γάσπαρης, Παπαδόπουλος), έχοντας χάσει μέσα στη δίνη του πολέμου τα πιο παραγωγικά τους χρόνια, κατάφεραν έστω και στο τέλος της καριέρας τους να συμβάλουν στην κατάκτηση δύο ακόμα τροπαίων, των κυπέλλων του 1949 και του 1950 και να διατηρήσουν την ΑΕΚ πρώτη δύναμη 1946-1950 και διεκδικήτρια του Ελληνικού πρωταθλήματος, αλλά και ενός ακόμα κυπέλλου το 1948. Το γεγονός αυτό, ήταν ότι ακόμα και αποδεκατισμένη η ομάδα του 1938-1940 συνέχισε να παίζει πρωταγωνιστικό ρόλο ακόμα και δέκα χρόνια μετά, θα επέκτεινε το σερί των τίτλων, χτίζοντας το όνομά της . Χαρακτηριστικές οι ηλικίες των παικτών το1940: 19χρονοι οι Δελαβίνιας, Μαρκόπουλος, 21χρονοι οι Μαρόπουλος, Σίμος, 22χρονος ο Τζανετής, 25χρονοι οι Μανέττας, Χριστοδούλου, Κοντούλης, Χατζησταυρίδης, στα 26 οι Ρίμπας, Παπαδόπουλος, 27 ο Γάσπαρης, με «γηραιότερο» το Βασιλείου (29) – αντίθετα οι άσοι του ΟΣΦΠ, του ίσως πιο δύσκολου αντιπάλου (3-2 το «σκορ» στις νίκες υπέρ της ΑΕΚ σε 5 ματς με τους ερυθρόλευκους τη διετία 1938-1940), Ράγκος, Αναματερός, Συμεωνίδης είχαν ήδη 30αρίσει (μόνο ο Βάζος ήταν 26).
Το 1959-1960 η ΑΕΚ κατέλαβε τη 2η θέση, πετυχαίνοντας παράλληλα δύο σημαντικές νίκες επί του Ολυμπιακού. Τον νίκησε 1-0 εντός έδρας με γκολ του μεγάλου Νεστορίδη και 1-0 εκτός έδρας με γκολ του Σταματιάδη. Το πρωτάθλημα ήρθε τελικά το 1963 στα χέρια της, μετά από πολλά χρόνια αναμονής. Εκείνη τη χρονιά στη Νέα Φιλαδέλφεια με ισοπαλία 3-3 αλλά και καλύτερη διαφορά τερμάτων ξεπέρασε τον ΠΑΟ. Αστέρια της ομάδας ήταν ο Μίμης Παπαϊωάννου, Κώστας Νεστορίδης, Πετρίδης, Σεραφείδης, Σοφιανίδης, Σταματιάδης, Τσαχουρίδης, Κανελλόπουλος, Παπαποστόλου, Σκευοφύλακας και προπονητής ο Ουγγρογερμανός Γένε Τσάκναντι. Το ’64 η ΑΕΚ βγήκε 3η, αλλά κατέκτησε το Κύπελλο. Στον ημιτελικό ΠΑΟ-ΟΣΦΠ για το Κύπελλο Ελλάδας του 1964, οι οπαδοί εισέβαλαν στον αγωνιστικό χώρο στο 116’ και κατέστρεψαν ό,τι βρήκαν μπροστά τους. Έτσι αποκλείστηκαν και οι δύο ομάδες και το Κύπελλο δόθηκε στην ΑΕΚ. Το ’66 η ΑΕΚ κατέκτησε το κύπελλο στον τελικό με τον Ολυμπιακό. Ο Ολυμπιακός μετά από απόφαση του προπονητή του Μάρτον Μπούκοβι δεν παρουσιάστηκε στο γήπεδο για να αγωνιστεί, με αποτέλεσμα να του επιβληθεί η ήττα στα χαρτιά με σκορ 2-0. Το επόμενο Κύπελλο για την ΑΕΚ θα ερχόταν μετά από πολλά χρόνια. Το ’68 η ΑΕΚ με αστέρια τους Σταματιάδη, Σοφιανίδη, Σκευοφύλακα, Παπαϊωάννου, Σεραφείδη, Νικολαϊδη, Καραφέσκο, Μπαλόπουλο, Πομώνη, Βασιλείου, Κεφαλίδη, Σταθόπουλο, Βεντούρη, Παπαγεωργίου πήρε το πρωτάθλημα. Κέρδισε μάλιστα και δύο μεγάλες νίκες επί του Ολυμπιακού. Τον νίκησε 4-1 στο Καραϊσκάκη με γκολ του Παπαϊωάννου και 2-1 στη Νέα Φιλαδέλφεια. Το 71 κέρδισε το πέμπτο της πρωτάθλημα με προπονητή τον Στάνκοβιτς και αστέρια τους Κωνσταντινίδη, Τόσκα και Παπαεμμανουήλ. Στο Πρωτάθλημα του ’73 η ΑΕΚ κατετάγη 5η.
Το ΄’74 ο Μπάρλος ανέλαβε την προεδρία της και άρχισε η χρυσή εποχή της . Προπονητής ήταν ο Ολλανδός Φράντισεκ Φάντροκ και αστέρια της ομάδας οι Αρδίζογλου, Δέδες, Σκρέκης, Βάγκνερ, Τσανλάιντερ, Θωμάς Μαύρος, Νικολούδης, Μπάμπης Ιντζόγλου, Χρηστίδης, Παπαϊωάννου, Τσάμης, Στεργιούδας, Νικολάου, Πέτρος Ραβούσης. Η πολυπόθητη ανοδική πορεία εχει ξεκινάει. Στο Πρωτάθλημα του ’75 η ΑΕΚ βγαίνει 2η. Στο Πρωτάθλημα του ’76 είναι πάλι 2η. Τη σεζόν 76-77 η ΑΕΚ έφθασε στα ημιτελικά του κυπέλλου ΟΥΕΦΑ αποκλείοντας τις ομάδες Ντιναμό Μόσχας, Ντέρμπι Κάουντι, Ερυθρό Αστέρα και Κουίνς Παρκ Ρέιντζερς (ΚΠΡ), μέχρι που την σταμάτησε η πανίσχυρη Γιουβέντους, που κέρδισε και το τρόπαιο. Η μεγάλη πορεία στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ θα μείνει στη μνήμη των οπαδών της. Στις αναμετρήσεις με την ΚΠΡ, μετά την ήττα με 3-0 στο Λονδίνο όλοι είχαν ξεγραμμένη την ΑΕΚ. Η ΑΕΚ οδηγεί τον αγώνα στην παράταση και στα πέναλτι. Στο τέλος επικρατεί με 7-6, δείχνοντας ότι είναι πολύ σκληρή για να χάσει.
Την περίοδο ’77-78 η ΑΕΚ με προπονητή το Γιουγκοσλάβο Ζλάτκο Τσαϊκόφκσι και με τους Μαύρο, Μπάγεβιτς και Βιέρα κατέκτησε το διπλο. Στον ημιτελικό ΑΕΚ-ΟΣΦΠ για το Κύπελλο Ελλάδας (1978), η ΑΕΚ Νίκησε τον ΟΣΦΠ με σκορ 6-1 και με το Μαύρο να πετυχαίνει 3 γκολ. Τη σεζόν ’78-79 με προπονητή τον κορυφαίο Φέρεντς Πούσκα και το Δομάζο ξανακερδίζει το πρωτάθλημα, αφού στον αγώνα μπαράζ λόγω ισοβαθμίας, ο Ολυμπιακός δεν αγωνίστηκε. Το ’81 η ΑΕΚ βγαίνει 2η στο Πρωτάθλημα. Στο Κύπελλο Πρωταθλητριών της σεζόν 78-79 η ΑΕΚ Κέρδισε στην Αθήνα την Πόρτο με σκορ 6-1, αλλά αποκλείστηκε στον επόμενο γύρο από την αχτύπητη και ασυναγώνιστη Νότιγχαμ Φόρεστ . Σε μεγάλη ακμή ήταν και το φυτώριο της ΑΕΚ εκείνη την εποχή, αφού ξεκινούσαν οι επόμενοι πρωταγωνιστές Στέλιος Μανωλάς, Σπύρος Οικονομόπουλος, Βαγγέλης Βλάχος και Λύσανδρος Γεωργαμλής.
Την περίοδο ’77-78 η ΑΕΚ με προπονητή το Γιουγκοσλάβο Ζλάτκο Τσαϊκόφκσι και με τους Μαύρο, Μπάγεβιτς και Βιέρα κατέκτησε το διπλο. Στον ημιτελικό ΑΕΚ-ΟΣΦΠ για το Κύπελλο Ελλάδας (1978), η ΑΕΚ Νίκησε τον ΟΣΦΠ με σκορ 6-1 και με το Μαύρο να πετυχαίνει 3 γκολ. Τη σεζόν ’78-79 με προπονητή τον κορυφαίο Φέρεντς Πούσκα και το Δομάζο ξανακερδίζει το πρωτάθλημα, αφού στον αγώνα μπαράζ λόγω ισοβαθμίας, ο Ολυμπιακός δεν αγωνίστηκε. Το ’81 η ΑΕΚ βγαίνει 2η στο Πρωτάθλημα. Στο Κύπελλο Πρωταθλητριών της σεζόν 78-79 η ΑΕΚ Κέρδισε στην Αθήνα την Πόρτο με σκορ 6-1, αλλά αποκλείστηκε στον επόμενο γύρο από την αχτύπητη και ασυναγώνιστη Νότιγχαμ Φόρεστ . Σε μεγάλη ακμή ήταν και το φυτώριο της ΑΕΚ εκείνη την εποχή, αφού ξεκινούσαν οι επόμενοι πρωταγωνιστές Στέλιος Μανωλάς, Σπύρος Οικονομόπουλος, Βαγγέλης Βλάχος και Λύσανδρος Γεωργαμλής.
Το 83 με προπονητή τον Αυστριακό Χέλμουτ Σενέκοβιτς και πρόεδρο το Μιχάλη Αρκάδη η ΑΕΚ κατέκτησε το κύπελλο Ελλάδας νικώντας τον ΠΑΟΚ 2-0. Αυτός ήταν ο πρώτος αγώνας μεταξύ δύο ελληνικών ομάδων που διεξήχθη στο – νέο τότε – Ολυμπιακό Στάδιο. Στο Κύπελλο ΟΥΕΦΑ της σεζόν 85-86, η ΑΕΚ κατόρθωσε να νικήσει στην Αθήνα την Ρεάλ Μαδρίτης με 1-0. Αυτή η περίοδος ήταν δύσκολη και έμεινε μακριά από τους τίτλους. Στο Πρωτάθλημα του ’88 κατέλαβε τη 2η θέση, πίσω από την Πρωταθλήτρια Λάρισα. Το 88 ήρθε ως προπονητής ο Σέρβος Ντούσαν Μπάγεβιτς. Την περίοδο ’88-89, με πρόεδρο τον Στράτο Γιδόπουλο, προπονητή το Ντούσαν Μπάγεβιτς και κορυφαίους παίκτες όπως ο Πολωνός Μίροσλαβ Οκόνσκι, κατέκτησε το πρωτάθλημα. Στο κρίσιμο ντέρμπι της προτελευταίας αγωνιστικής (ΟΣΦΠ-ΑΕΚ) στο Ολυμπιακό Στάδιο, η ΑΕΚ κάνει μια τρομερή αντεπίθεση στο 83’ πετυχαίνοντας το γκολ της νίκης και παγώνοντας τους ερυθρόλευκους.
Με τον Ντούσαν Μπάγεβιτς στον πάγκο το 1992 η ΑΕΚ πήρε το πρωτάθλημα με πρόεδρο τον Κώστα Γενεράκη. Η χρυσή περίοδος είχε ξσνααρχίσει. Η ΑΕΚ του Μπάγεβιτς κερδίζει το πρωτάθλημα το 93 , το ’94 με προέδρους το Γιάννη Καρρά και το Δημήτρη Μελισσανίδη. Αστέρια της ομάδας ο Τόνι Σαβέβσκι, ο Μανωλάς, ο Δημητριάδης, ο Μπατίστα, ο Καραγιάννης, ο Σαββίδης, ο Παύλος Παπαϊωάννου. Το ’94-95 η ΑΕΚ μπήκε θριαμβευτικά στους ομίλους του Τσάμπιονς Λιγκ ξεπερνώντας με δύο νίκες την ισχυρή Ρέιντζερς Γλασκώβης με πρωταγωνιστές το Δημήτρη Σαραβάκο και τον Τόνι Σαβέβσκι. Το ’96 κέρδισε το κύπελλο με προπονητή το Μπάγεβιτς.
Το ’97 με προπονητή τον Ραβούση κατέκτησε το Κύπελλο, επικρατώντας στον τελικό με 5-3 στα πέναλτι. Κύπελλο Ελλάδας της σεζόν 96-’97. Στα ημιτελικά βρέθηκε αντιμέτωπη με τον ΟΣΦΠ.Το ’99 έδωσε φιλικό αγώνα ανθρωπιστικού χαρακτήρα με την Παρτιζάν στο Βελιγράδι, το οποίο βομβαρδιζόταν από το ΝΑΤΟ, σπάζοντας ως πρώτη το διεθνές εμπάργκο κατά της Σερβίας. Με προπονητή τον Όλεγκ Μπλαχίν ήρθε ισόπαλη με γκολ του Ζουμπούλη, ενώ ο αγώνας διακόπηκε από τους ενθουσιασμένους φιλάθλους που έσπευσαν να πανηγυρίσουν.
Το 2000 με προπονητή τον Γιάννη Παθιακάκη και αρχηγό τον Νικολαΐδη κέρδισε το κύπελλο Ελλάδος , ενώ την επόμενη σεζόν 2000-’01 προκρίθηκε στον τέταρτο γύρο του Κυπέλλου ΟΥΕΦΑ, έχοντας αποκλείσει τη Μπάγερ Λεβερκούζεν με κορυφαίο το Φερνάντο Νάβας. Το ’02 η ΑΕΚ ξανακέρδισε το κύπελλο με προπονητή τον Πορτογάλο Φερνάντο Σάντος και πρωταγωνιστή τον Ίλια Ίβιτς, το Νικολαΐδη και τον Τσάρτα, ενώ έχασε το πρωτάθλημα ισοβαθμώντας με τον Ολυμπιακό.Τη σεζόν 02-03 επέστρεψε ο Ντούσαν Μπάγεβιτς στον πάγκο και η χρονιά σημαδεύτηκε από τις πολύ καλές εμφανίσεις στους ομίλους του Τσάμπιονς Λιγκ με έξι ισοπαλίες σε ισάριθμα ματς, οι δύο από αυτές σε εντυπωσιακούς αγώνες με τη Ρεάλ Μαδρίτης. Στυλοβάτες της ΑΕΚ ήταν οι Ζαγοράκης, Τσάρτας, Νικολαΐδης, Κατσουράνης, Καψής, Κασάπης, Ίβιτς, Ράιτ.
Το 2003 κατεδαφίζεται το χτυπημένο από το σεισμό του 1999 στάδιο Νίκος Γκούμας και μαζί με αυτό το κλειστό γήπεδο Γιώργος Μόσχος, μετά και την καταρχήν ένταξη του “Νέου Γηπέδου ΑΕΚ” στα Ολυμπιακά έργα για τους αγώνες της Αθήνας 2004 ως επίσημου προπονητηρίου του ποδοσφαιρικού τουρνουά. Αργότερα όμως το στάδιο αφαιρέθηκε από το φάκελο των αγώνων, αντικαθιστώμενο από το Γήπεδο Καραϊσκάκη και η ανέγερση νέας έδρας της ομάδας, με την ΑΕΚ να φιλοξενείται τα τελευταία χρόνια στο ΟΑΚΑ. Μετά την κατεδάφιση του «Νίκος Γκούμας», η ομάδα αναγκάστηκε να φιλοξενηθεί στα γήπεδα των Άνω Λιοσίων, της Λεωφόρου Αλεξάνδρας, του Ταύρου και της Νέας Σμύρνης. Σαν να μην έφτανε αυτό, τα διοικητικά και οικονομικά προβλήματα έφεραν την ομάδα σε πολύ δύσκολη θέση.
